ホストコンピュータからの出力の他にWindows OS環境からプリンタコマンドを直接送信する運用を併用したいのですが可能ですか？

可能です。
FTP通信ではカレントディレクトリ、LPR通信ではキュー名を「LPT1」、「LPT2」にする事でコード変換を行ないます。Windows OS環境からプリンタコマンドを直接送信するには「LPT1」、「LPT2」以外を設定する事でコード変換されずにプリンタに送信されます。直結くんⅢは「RS-232C-1」より出力されます。